主要的差異在於硬體架構。外接式固態硬碟採用與電腦內接硬碟相似的進階「多通道主控晶片」與「高效能快閃記憶體」。相反地，一般的 USB 隨身碟採用較簡單的單通道控制器，主要以考量成本與便攜性為主，因此整體的讀寫速度會相對較慢。